食品事件中的病因或病原微生物的确定很重要。通过高分辨率的扫描探针显微镜即可在空气中简单的观察细菌。
 

〈结果〉

扫描探针显微镜观察细菌。
左图为肠出血性大肠菌大肠菌O157：H7的图像。可清楚的观察到杆状菌体和鞭毛。

右图是一种食物中毒的致病菌——蜡状芽孢杆菌的图像。可以观察到卵圆形（长径约2.3μm，短径约1.7μm）的孢子和长约7μm的营养型细胞。