已知基于基因信息在生物体内进行表达的蛋白质，其表达与以癌为代表的各类疾病相应发生特异性变动。
作为检测上述蛋白质的量/质的变化的手段，有多种手段。使用纳升LC进行肽成分的分离，通过组合使用LCMS-IT-TOF及统计解析软件，解析、鉴定变动成分也是方法之一。在此介绍这些方法。
对于胰蛋白酶酶切的酵母提取蛋白质组(200fmol)及酵母提取蛋白质组(200fmol)＋BSA(10fmol)，作为模型实验类样品，分别使用纳升LC、LCMS-IT-TOF系统进行分析(n=3)。
对于检测出的肽离子的MS数据，使用代谢组学解析软件进行主成分分析(PCA)，提取以主成分轴分离的变动成分，根据需要，使用自动MSn功能等，自动取得目标肽的MS/MS数据，进行Mascot检索、蛋白质鉴定。
对于有无添加BSA的酵母蛋白质组的解析结果
对于有无BSA添加的酵母蛋白质组主成分分析的结果，第一主成分轴(PC1）上获得了明确的分离，作为来自添加的BSA的肽所产生的成分检出。
如上所述，通过组合主成分分析等多变量解析，可使用软件只提取显著的差异性部分。使用这样的方法，可以在不进行稳定同位素标记或全面鉴定所有成分的情况下，可以仅对可见变动的成分进行高效率的检测·鉴定。
